Если организм содержит два одинаковых аллельных гена (например, зелёного цвета семян), то такой организм называют гомозиготным. Если же аллельные гены разные (например, один определяет жёлтую, а другой — зелёную окраску семян), то такой организм называют гетерозиготным. Чистые линии образованы только гомозиготными растениями, поэтому при самоопылении они всегда воспроизводят один вариант проявления признака.