У папоротников строение сложнее. У папоротников есть корни, которые отрастают от корневища. У мхов корней нет, только ризоиды.
Мхи имеют очень мелкие листья, а у папоротников они сложные и крупные. У папоротников лучше развиты ткани и проводящая система.