Значение плаунов, хвощей и папоротников в природе и в хозяйственной деятельности человека не преувеличено. Плаун применяется в гомеопатии при некоторых болезнях желудочно−кишечного тракта и нарушениях метаболизма (обмена веществ). Используется в фармацевтической практике для предотвращения слипания пилюль. Из плауна изготавливают детскую присыпку.
Также их споры служат натуральным тальком, который незаменим при массажах и в уходе за детьми. Применяются экстракты плаунов в ветеринарии, в промышленности для получения красок зеленого и жёлтого оттенка.
Жесткие стебли хвощей, в составе которых содержится кремнезем, ранее использовались людьми для чистки кастрюль и горшков. Также настойки из хвоща являются хорошим мочегонным средством. Весенние побеги применяются для приготовления диетических блюд в пареном и даже сыром виде.
Молодые листья у некоторых видов папоротников используются для приготовления различных блюд в Японии. Также многие из них выращиваются для аквариумов, а их корневища применяют для изготовления средств против гельминтов.
Большая ценность плаунов, хвощей и папоротников в том, что они образуют залежи, которые через много лет превращаются в каменный уголь. Сегодня это полезное ископаемое широко используется в качестве топлива и сырья для производства смолы, пластмассы и прочей продукции.